El Perdiguero de Burgos es una raza rústica y, en general, sana, con una esperanza de vida de 10 a 14 años. Las afecciones más citadas en la raza son la displasia de cadera y de codo, habituales en razas grandes, por lo que conviene exigir radiografías oficiales de los reproductores. Sus orejas caídas le predisponen a otitis recurrentes si no se limpian con regularidad, y algunos ejemplares pueden presentar problemas oculares o, con menor frecuencia, epilepsia. Como perro grande de pecho profundo, conviene también conocer los síntomas de la torsión gástrica y evitar el ejercicio intenso justo después de las comidas. Su tendencia a ganar peso fuera de la temporada de actividad exige controlar la ración.
En España, y muy especialmente en un perro que pasa muchas horas en el campo, la prevención de la leishmaniosis es imprescindible. Esta enfermedad, transmitida por el flebótomo, es endémica en buena parte de la península, sobre todo en la mitad sur y el litoral mediterráneo. La pauta recomendada combina collares o pipetas repelentes con efecto antiflebótomo durante toda la temporada de riesgo (primavera a otoño), un test serológico anual y, si tu veterinario lo aconseja, la vacunación. El mismo plan preventivo debe cubrir filaria, garrapatas y los parásitos habituales en perros de caza, con desparasitaciones internas frecuentes por el contacto con piezas y agua de charcas.