Como es lógico, esta selección es necesaría para conseguir descendencia de características físicas y psicológicas parecidas, pero siempre hay que actuar de forma responsable, porque, aún con un escrupuloso control, también tiene sus riesgos en los animales, que pueden ser muchos y muy peligrosos. Los perros son quizá la familia animal en la que más se practica la endogamia. Dentro de ella, afecta a unas razas más que a otras.
Si pensamos en las consecuencias de cruzar a los miembros de una misma familia o comunidad entre sí nos vienen a la cabeza problemas genéticos cuya cara más visible son las malformaciones. Pero hay más efectos secundarios. Por ejemplo, la gran incidencia de problemas respiratorios en las razas braquicéfalas como el Bulldog Inglés o el Carlino, o en razas como el Golden Retriever, se sabe que la endogamia está detrás del aumento de los casos de cánceres. También de la sordera que acusan los Dálmatas y de la displasia de cadera que se ha convertido en una enfermedad genética frecuente entre los Pastores Alemanes o los Dogos Alemanes.
Quizá otro problema igualmente destacable es el debilitamiento del sistema de defensa o autoinmune. Ello determina que estos perros enfermen más, sufran más infecciones y enfermedades relacionados con la genética o el funcionamiento metabólico, como el cáncer. La esperanza de vida también disminuye.